Статья

Название: Геном как (гипер)текст: от метафоры к теории

Авторы: C. Т. Золян, Р. И. Жданов

ИНСТИТУТ ФИЛОСОФИИ, СОЦИОЛОГИИ И ПРАВА НАН РЕСПУБЛИКИ АРМЕНИЯ; МОСКОВСКИЙ ПЕДАГОГИЧЕСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ; ИНСТИТУТ ПЕРСПЕКТИВНЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ; ИНСТИТУТ ФУНДАМЕНТАЛЬНОЙ МЕДИЦИНЫ И БИОЛОГИИ; КАЗАНСКИЙ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ

Аннотация: С самого начала зарождения генетики было осознано глубинное сходство между языком и процессами обработки и передачи генетической информации. Были предприняты попытки использовать выработанные в лингвистике методы для дешифровки кодирующих белки нуклеотидных последовательностей. Малая информативность такого рода расшифровок была вполне предсказуемой – методики, ограничивающиеся процессами кодирования, в лучшем случае позволяют составить словарь единиц, но не в состоянии описать язык и выявить определяющие для коммуникации структуры смысла и текста. Так, до сих пор остаются невыясненными функции порядка 95 % некодирующих последовательностей ДНК. Только текст (а не знак) может рассматриваться как объект процесса создания – передачи – сохранения – преобразования информации. Общая теория текста должна быть в состоянии описать языковые тексты и процессы их структурирования, функционирования и трансформации, и в то же время представить первичную структуру генома как систему текстов – гипертекст, состоящий из упорядоченного подмножества других текстов. Текст может быть рассмотрен как квазиорганизм, обладающий памятью, креативно-когнитивными характеристиками и коммуникативным потен- Геном как (гипер)текст: от метафоры к теории 61 циалом, а клетка (рибосома) – как обладающая квазиинтеллектом и спо- собностью оперировать абстрактными семиотическими последовательно- стями. Такой подход требует конструирования новой версии семиотики – мультимодальной и текстоцентричной, где исходными базовыми понятия- ми явятся текст и контекст, а знаки и смыслы рассматриваются одновре- менно и как контекстно-зависимые переменные, и как изменяющие кон- текст операторы.

Ключевые слова: геном, генетический код, общая теория текста, геном как (гипер-)текст, биосемиотика

Список литературы:

Барт Р. Смерть автора // Барт Р. Избранные работы. Семиотика. Поэтика. М.: Прогресс, 1989. С. 384–391.

Барт Р. От произведения к тексту // Барт Р. Избранные работы. Семиотика. Поэтика. М.: Прогресс, 1989. С. 413–423.

Бенвенист Э. Общая лингвистика. М.: Прогресс, 1974. 446 с.

Ванюшин Б. Ф. Метилирование ДНК и эпигенетика // Генетика. 2006. Т. 42, № 9. С. 1–14.

Витгенштейн Л. Логико-философский трактат. М.: Иностр. лит., 1958. 131 с.

Гамкрелидзе Т. В. Р. О. Якобсон и проблема изоморфизма между генетическим кодом и семиотическими системами // Вопросы языкознания. 1988. № 3. С. 5–9.

Гаряев П. П. Лингвистико-волновой геном. Киев, 2009.

Гельфанд М. С. Коды генетического языка и естественный язык // Вопросы языкознания. 1990. № 6. С. 60–70.

Ельмслев Л. Пролегомены к теории языка // Новое в лингвистике. М.: Прогресс, 1960. Вып. 1. С. 264–389.

Жакоб Ф. Лингвистическая модель в биологии // Вопросы языкознания. 1992. № 2. С. 135–141.

Золян С. Т. «Бесконечный лабиринт сцеплений»: семантика текста как многомерная структура // Критика и семиотика. 2013а. № 1/18. С. 18–44.

Золян С. Т. Вновь о соотнесенности языка и генетического кода // Вопросы языкознания. 2016. № 1. С. 114–132.

Иванов Вяч. Вс. Границы семиотики: вопросы к предварительному обсуждению // Современная семиотика и гуманитарные науки. М.: Языки славянской культуры, 2010. С. 31–52.

Лотман М. Ю. Двойственная природа текста (связный текст как семиотическое и коммуникативное образование) // Текст и культура: общие и частные проблемы / Под ред. Ю. А. Сорокина. М.: Изд-во Ин-та языкознания АН СССР, 1985. С. 3–20.

Лотман Ю. М. Мозг – текст – культура – искусственный интеллект // Семиотика и информатика. М., 1981. Вып. 1. С. 13–17.

Лотман Ю. М. О семиосфере // Учен. зап. Тарт. гоc. ун-та. 1984. Вып. 641. (Труды по знаковым системам. Т. 17.) С. 5–23.

Лотман Ю. М. Cемиотика культуры и понятие текста // Лотман Ю. М. Избранные статьи. Таллинн, 1992. Т. 1. С. 129–132.

Материалы Международного симпозиума «Язык генома» / Казанский федеральный университет, Академия наук РТ; под ред. Р. И. Жданова. Казань, 2014. 32 с.

Николаева Т. М. Лингвистика текста и проблемы общей лингвистики // Изв. АН СССР. Серия литературы и языка. 1977. Т. 36, № 4. С. 304–313.

Николаева Т. М. Теория текста. Современное состояние и перспективы // Новое в зарубежной лингвистике. М., 1978. Вып. 8. С. 5–41.

Пропп В. Я. Морфология сказки // Вопросы поэтики. Л.: Academia, 1928. Вып. 12. 152 с.

Ратнер В. А. Генетические управляющие системы: Автореф. дис. ... канд. биол. наук. Новосибирск, 1965.

Ратнер В. Генетический язык: грамматика, предложения, эволюция // Генетика. 1993а. № 29. С. 709–719.

Ратнер В. Сравнительная иерархическая структура генетического языка // Генетика. 1993б. № 29. С. 720–739.

Ратнер В. А. Генетический код как система // Биология. Соросовский образовательный журнал. 2000. Т. 6, № 3. С. 17–22.

Ратнер В. А. Хроника великого открытия: идеи и лица // Природа. 2000. № 6. URL: http://vivovoco.astronet.ru/VV/JOURNAL/NATURE/ 06_00/ CODE/CODE.HTML (дата обращения 18.02.2016).

Седов А. Е. Метафоры в генетике // Вестн. РАН. 2000. Т. 70, № 6. C. 526–534.

Седов А. Е. Иерархические концепции и междисциплинарные связи генетики, запечатленные в ее метафорах: количественный и структурный анализ терминов и высказываний // Науковедение. 2001. № 1. С. 135–154.

Соловьев В. В., Кель А. Э., Рогозин И. Б., Колчанов Н. А. Использование ЭВМ в молекулярной биологии. Введение в теорию генетических текстов. Новосибирск, 1988. 92 с.

Степанов Ю. С. Семиотика. М.: Наука, 1971.

Шредингер Э. Что такое жизнь? Физический аспект живой клетки. М.; Ижевск, 2002.

Чебанов С. Российская биосемиотика как школа: проблема институализации. Научные чтения – 2003. Материалы конф. СПб., 2004. С. 164–171.

Якобсон Р. Лингвистика в ее отношении к другим наукам // Якобсон Р. Избранные работы. М.: Прогресс, 1985. С. 387–404.

Augustyn P. What Connects Biolinguistics and Biosemiotics? // Biolinguistics. 2013. Vol. 7. P. 96–111.

Barbieri M. Is the Cell a Semiotic System? // Barbieri M. (ed.) Introduction to Biosemiotics. The New Biological Synthesis. Dordrecht: Springer, 2007.

Barbieri M. Biosemiotics: A New Understanding of Life // Naturwissenschaften. Springer Verlag, 2008a. P. 577–599.

Barbieri M. What is Biosemiotics? // Biosemiotics (1). Springer, 2008b. P. 1–3.

Barbieri M. A Short History of Biosemiotics // Biosemiotics. Berlin: Springer Science, 2009. No. 2. P. 221–245.

Bertalanffy L. Theoretische Biologie. Berlin, 1932.

Bertalanffy L. General Systems Theory. Foundations, Development, Applications. New York, 1968. 289 p.

Beaugrande R.-A. de, Dressler W. Introduction to Text Linguistics. London: Longman, 1994. 270 p.

Bickerton D. Some Problems for Biolinguistics // Biolinguistics. 2014. Vol. 8. P. 73–96.

Dijk T. van. Some aspects of text grammars. A study in theoretical poetics and linguistics. The Hague: Mouton, 1972.

Crick F. H. C. The Genetic Code – Yesterday, Today and Tomorrow // Cold Spring Symposium on Quantitative Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 1966. Vol. 31. P. 3–9.

Crick F. Life Itself: Its Origin and Nature. Simon and Schuster, 1981. 193 p.

Elumalai A., Eswaraiah M. Review on application of bioinformatics // Journal of Science. Bioinformatics. 2013. Vol. 3. Iss. 1. P. 21–27.

Emmeche C., Hoffmeyer J. From language to nature – the semiotic metaphor in biology // Semiotica. 1991. Vol. 84 (1/2). Р. 1–42.

Favareau D. The evolutionary history of biosemiotics // Barbieri M. (ed.) Introduction to Biosemiotics. The New Biological Synthesis. Dordrecht: Springer, 2007. P. 1–69.

Galik D. Biosemiotics: A New Science of Biology? // Filozofia. 2013. Vol. 68. No. 10. P. 859–867.

Gamkrelidze T. «Paradigms» in Linguistics and the Problem of the Isomorphism between the Genetic Code & Semiotic Systems // Bulletin of the Georgian National Academy of Sciences. 2009. Vol. 3. No. 2.

Gimona M. Protein Linguistics and the Modular Code of the Cytoskeleton // Barbieri M. (ed.) The Codes of Life: The Rules of Macroevolution. Berlin: Springer, 2008. P. 189–206.

Jaкobson R. Linguistics. Relationship between the science of language and other sciences // Main trends of research in the social and human sciences. The Hague: Mouton, 1970. P. 419–453.

Ji S. Isomorphism between Cell and Human Languages: Molecular Biological, Bioinformatic and Linguistic Implications // Biosystems. 1997. Vol. 44. Iss. 1. P. 17–39.

Ji S. The Linguistics of DNA: Words, Sentences, Grammar, Phonetics, and Semantics // Molecular Strategies in Biological Evolution. Annals of the New York Academy of Science. 1999. Vol. 870. P. 411–417.

Kull K. Organism as a Self-Reading Text: Anticipation and Semiosis // International Journal of Computing Anticipatory Systems. 1998. Vol. 1. P. 93– 104.

Kull K. A Sign Is not Alive – a Text Is // Sign Systems Studies. 2002. Vol. 30.1.

Kull K., Deacon K., Emmeche C., Hoffmeyer J., Stjernfelt F. Theses on Biosemiotics: Prolegomena to a Theoretical Biology // Biological Theory. 2009. Vol. 4 (2). P. 167–173.

Luhmann N. Essays on Self-Reference. New York: Columbia University Press, 1990.

Luhmann N. Social Systems. Stanford: Stanford University Press, 1995.

Maturana H. R., Varela F. J. Autopoiesis and cognition: The realization of the living. Boston: D. Reidel, 1980.

Pattee H. H. The Necessity of Biosemiotics: Matter-Symbol Complementarity the Physics and Metaphysics of Biosemiotics // Journal of Biosemiotics. 2005. Vol. 1 (1). P. 223–238.

Raible W. Linguistics and Genetics: Systematic parallels // Language Typology and Language Universals. An International Handbook / Eds. M. Haspelmath, E. König, W. Oesterreicher, W. Raible. Berlin; New York: Walter de Gruyter, 2001. Р. 103–123.

Rotshild F. S. Laws of symbolic mediation in the dynamics of self and personality // Annals of the New York Academy of Sciences. 1962. Vol. 96 (3). P. 774–784.

Searls D. The Computational Linguistics of Biological Sequences // Artificial Intelligence and Molecular Biology. 1993. Р. 47–120.

Searls D. B. Formal Language Theory and Biological Macromolecules // Mathematical Support for Molecular Biology. American Mathematical Society Press, 1999. Р. 117–140.

Searls D. B. The Language of Genes // Nature. 2002. Vol. 420 (6912). P. 211–217.

Searls D. B. Molecules, Languages and Automata // Grammatical Inference: Theoretical Results and Applications Lecture Notes in Computer Science. 2010. Vol. 6339. P. 5–10.

Shannon C. E. A mathematical theory of communication // Bell System Technical Journal. 1948. Vol. 27 (379–423). Р. 623–656.

Stjernfelt F. Tractatus Hoffmeyerensis: Biosemiotics as expressed in 22 basic hypotheses // Sign Systems Studies. 2002. Vol. 30.1. P. 337–345.

Trifonov E. N. Earliest pages of bioinformatics // Bioinformatics. 2000. Vol. 16. No. 1. P. 5–9.

Trifonov E. N. Codes of Biosequences // Barbieri M. (ed.) The Codes of Life. The Rules of Macroevolution. Springer, 2008. P. 3–14.

Trifonov E. N. Thirty Years of Multiple Sequence Codes // Genomics. Proteomics. Bioinformatics. 2011. Vol. 9 (1–2). Р. 1–6.

Wiener N. Cybernetics: Or Control and Communication in the Animal and the Machine. Paris: Hermann & Cie; Cambridge: MIT Press, 1948.

Witzany G. Review: Marcello Barbieri (ed.) Introduction to Biosemiotics. The New Biological Synthesis. Dordrecht: Springer, 2007. Triple C 5 (3). P. 104–109.

Zhdanov R. I., Ibragimova M. Y. New informational level at genomic DNA: lipids specifically bound to DNA // Genetics and Chemistry Sharing a Language of Discovery: Cell Symposium series, May 23–25, 2012. Boston; Marriott; Cambridge, 2014. P. 29.

Zolyan S. Text as a Multisemantic Entity – a Prolegomenon to Formalization // International Congress Cultural Poliglotism, tо the anniversary of Juri Lotman’s 90th birthday. Tartu, 2012. Р. 57–62.